Metamètodes i Genòmica Comp.

7.-Sisena trobada. “encarar l’alineament II”. 09-03-12

leave a comment »

Quedem amb en Santiago perquè, tot i instal·lar les actualitzacions, el Swat5 no respon.

De seguida en Santiago, resol el problema i ens mostra, aquest cop en el nostre ordinador, com funciona el Swat5.

Després de fer unes proves i comprovar que tot està correcte, ens dona algunes nocions de la nomenclatura que pot aparèixer al fer els alineaments locals.

Un cop acabada la sessió donem les gràcies a en Santiago i quedem que l’anirem mantenint informat  un cop comencem a formalitzar les dades.

Written by eeloi

Març 19, 2012 at 1:27 pm

Arxivat a Uncategorized

6.-Cinquena trobada. “encarar l’alineament I”. 03-03-12

leave a comment »

Quedem amb en Santiago per instal·lar una adaptació del programa Swat5, que ens permetrà alinear una sèrie de propostes que li hem enviat prèviament.

El  programa és pot aplicar paraules substituint la nomenclatura de les proteïnes gracies a un diccionari que ha modificat en Santiago, tot i que hi ha unes limitacions; no es poden utilitzar accents ni majúscules.

Després de les explicacions pertinents, tenim un problema amb el software de l’ordinador, que necessita algunes actualitzacions, de totes maneres en Santiago ha fet un alineament de prova que permet que visualitzem quins seran els resultats.

Ens acomiadem confiant que amb les actualitzacions tot funcionarà…

Written by eeloi

Març 17, 2012 at 1:20 pm

Arxivat a Uncategorized

5.-Quarta trobada. Entrevista amb D.T., S.G., i V.M. “encarar l’alineament”. 20-02-12

leave a comment »

Després de decidir quines seran les bases del nostre projecte amb departament de la ciència de la vida: Genòmica Computacional. Hem decidit fer el que en bioinformàtica s’anomena un alineament de seqüències, que consisteix en representar i comparar dues seqüències.

El nostre dubte és si aquest programa és pot aplicar a frases i paraules que substitueixin la nomenclatura de les proteïnes.

Organitzem una quarta sessió amb la intenció d’esbrinar si és viable la nostra proposta. Per aquesta raó ens dirigim a un sector específic del grup format per  D.T., S.G. i V. M. Després de posar-nos al dia del projecte i revisar el bloc sobre el projecte “Geburte”,  llencem la proposta: -Volem fer un alineament, amb el material de text registrat durant tots aquests mesos.

Ens plantegen:-Un alineament Global o local?

De l’ explicació extraiem que: és possible realitzar un alineament, però cal que concretem amb precisió quins mons volem alinear. Hem de generar una matriu que defineixi amb exactitud el grau d’incertesa que volem aplicar.

Finalment parlem dels programes que podem fer servir, i com coordinar-nos amb l’equip per tal de fer-los arribar  les dades i començar a realitzar l’alineament.

Written by eeloi

febrer 27, 2012 at 12:45 am

Arxivat a Uncategorized

Esquema del procès de treball. 20-01-2012

leave a comment »

Written by eeloi

gener 26, 2012 at 10:46 pm

Arxivat a Uncategorized

4.- Tercera trobada. Entrevista amb V.M. “tècnic de recerca”. 23-12-11

leave a comment »

La tercera trobada es concretarà en una entrevista a l’investigador V.M. La raó seleccionar al Valentí és pel seu perfil de “tècnic de recerca”, això ens servirà per a que ens expliqui diferents maneres de codificacions. De fet entenem que és ell a qui es dirigeixen per sol·licitar solucions tècniques a les propostes del seus companys. Per ell passen molts dels problemes que es troben els altres del grup, d’alguna manera el Valentí coneix els mètodes dels altres i ara ens interessa saber quin tipus de lectures es fa dels codis generats pels seus companys, volem “entendre” qüestions molt tècniques, volem cercar el sentit de la lectura codificada. Com és una qüestió complexa i difícil de portar preparada, volíem parlar amb ell i ens aclarís preguntes i en donés detalls de les seves respostes. Ell, com tots els de l’equip, va ser molt clar en les seves respostes.

Written by eeloi

gener 24, 2012 at 3:52 pm

Arxivat a Uncategorized

3.- Entrevista clau al D. T. “Research Director”. 30-11-11

leave a comment »

-Podries explicar els orígens del grup? com, quan i on es va formar?
-Com a director del grup de Genòmica Comp., qui son les persones que seleccionen als membres del teu equip? És determinant la teva valoració?
-Els nous membres, quant de temps de proves han de passar per ser definitivament acceptats?
-Passa el mateix amb els doctorands o becaris? tenen un temps de proves?
-Cada membre del teu equip te una especialització, són especialitzacions al voltant de la teva?
-Pots explicar la jerarquia de l’equip, les diferències entre Postdoc Research, Resident Student, Research Support Egineer, Visitor, etc…?
-Com a director, també tens un component de formació dels membres de l’equip?
-Formeu part de projectes col.lectius europeus, Mitin (2008-11) finalitza aquest any, tindrà continuïtat? s’han complert els objectius? ha estat positiva aquesta col.laboració?
-Quina és la relació amb el món empresarial? existeix algun grup inversor? Obteniu beques-subvencions públiques? privades?
-Quina és l’aportació d’Icrea?
Ets tu l’únic que publica articles?
-Fins a quin és determinant la publicació d’articles?
-Les vostres recerques només són reflexades amb articles?
Rebeu recerques per encàrrec?

Written by eeloi

Desembre 24, 2011 at 3:58 pm

Arxivat a Uncategorized

2.- Segona trobada. Preguntes específiques. 14-10-11

leave a comment »

Preguntes específiques sobre els sistemes i mètodes de treball utilitzats pels membres de “Grup de Genòmica Computacional”.
Fotografies específiques del lloc.

Al voltant del Genoma

1.- Una delecció és una anomalia estructural cromosòmica, és a dir, una ruptura, una pèrdua, entrecreuament, etc…. La deleció d’un gen o de part d’un gen pot ocasionar una malaltia o una anomalia. Sempre s’identifica la reestructuració cromosòmica amb una malaltia, és sempre així? El desordre es relaciona amb un resultat negatiu pel cos humà? Potser que un desordre pugui produir un benefici al cos?

2.-En Dalí va dir: “Creo en Dios”, “pero no tengo la fe”. Ya que “por las matemáticas y las ciencias particulares sé que es indiscutible que Dios tiene que existir, pero no me lo creo”.

La Genòmica és una disciplina científica i com a tal es regeix mitjançant l’observació de patrons regulars, de raonaments, d’experimentació en àmbits específics, i utilitzant pautes empíriques. Son observacions que s’estavellen amb els pilars de la religió. Creus amb deu?

3-Entre un home i una rata hi ha una diferència de 3000 gens. Podem parlar d’una base que seria un genoma universal? Quants elements particulars hi ha en un genoma universal dels essers vius?

4.- Quins gens s’activen quan fem preguntes?

Els errors en recerca, les proves fallides i desestimades

1.- La paraula “serendipia” ha estat redescoberta fa poc i s’utilitza cada vegada més. A partir de 1974 va començar a aparèixer en diccionaris anglesos. En espanyol entenem per “serendipia” un concepte, àmpliament difós en la literatura científica contemporània, que inclou tots els descobriments realitzats per casualitat. Conèixes algun avenç per serendipia en el Genoma? es dona serendipia en l’estudi del Genoma?

2.- Les plantes poden dividir les seves cèl·lules un nombre il·limitat de vegades però moren. L’envelliment és un error?

3.- En la teva recerca els resultats negatius s’emmagatzemen? es classifiquen? que en fas?

4.- Tal com diu un dels vostres investigadors, hi ha parts del genoma que no estan codificades. Com queden classificats aquestes parts? Que passa amb les zones del genoma que els instruments no poden captar?

Written by eeloi

Octubre 17, 2011 at 2:24 pm

Arxivat a Destacado

Tagged with

1.- Primera trobada. Preguntes genèriques. 28-09-11

leave a comment »

1.- Primer contacte amb el grup. Preguntes genèriques.
Primeres preguntes genèriques per conèixer components del grup, així com les instal.lacions de treball individuals o col.lectiu. Saber quines són les línies de recerca plantejades pel “Grup de Genòmica Computacional”.
Primereres fotografies genèriques.
Duració: 1-1,30 hores aproximadament.

El nostre planning és una entrevistes seguint aquestes pautes :
a-Volem fer quatre preguntes als sis investigadors del “Grup de Genòmica Computacional”,
c-A tots ells els hi farem les mateixes preguntes,
d-Ells poden conèixer les preguntes abans de que nosaltres anem a registrar-les,
e-No haurien de comentar entre ells les respostes que, si volen, es poden preparar, però NO haurien de compartir-ho entre ells.
f-Les respostes dels investigadors seran enregistrades amb una gravadora de veu (NO VIDEO).

Les preguntes son aquestes:

1-Que investigues en aquest moment? Explica d’una manera sintètica una de les teves recerques actuals??

2-Quina és la teva funció o aportació respecte al grup de la recerca?

3-Que obtens i com es formalitzen les dades obtingudes en la teva recerca? Dades (software)? números? Gràfics? imatges? etc…

4-Com t’hi relaciones amb el Super-computer? Quina part de la teva recerca desenvolupes al Super-computer? En quin moment de la teva recerca necessites el processament de dades per utilitzar MareNostrum?

Written by eeloi

Octubre 6, 2011 at 1:54 pm

Arxivat a Uncategorized

Tagged with

Serendipia 01

leave a comment »

Written by eeloi

Octubre 5, 2011 at 2:07 pm

Arxivat a Uncategorized

Recerca Imarte

leave a comment »

El nostre projecte de Recerca rep el nom de MetaMétodo i te com objectiu iniciar (des de l’art com a procés i producció) noves relacions entre la teoria i la pràctica, entre la ciència i la tecnologia creant una sèrie d’enllaços multidisciplinars basats en la recerca, establint vincles de similitud i diferència entre el mètode científic i l’artístic. Motivar, fomentar i socialitzar el diàleg entre ciències i humanitats.

Written by eeloi

Octubre 5, 2011 at 10:43 am

Arxivat a Uncategorized